Kisah Muslim di Timor Leste menawarkan sebuah narasi yang kaya akan sejarah perdagangan, penyebaran agama, dan tantangan yang dihadapi oleh komunitas minoritas. Islam diyakini telah tiba di Timor Leste sebelum masa kedatangan bangsa Eropa, kemungkinan melalui jalur perdagangan dari pelaut Makassar dan Jazirah Arab.
Sebuah catatan sejarah menunjukkan keberadaan tokoh Muslim, seperti Abdullah Afif, yang menetap di Dili sebelum tahun 1512. Menurut penuturan keturunan Arab yang tinggal di Timor Leste hingga saat ini, nenek moyang mereka pertama kali tiba di Dili setelah singgah di Kepulauan Nusantara.
Abdullah Afif dan Habib Umar Muhtar adalah tokoh Muslim pertama yang datang ke Dili pada tahun 1512, diikuti oleh keturunan Arab lainnya yang membentuk pemukiman di wilayah tersebut. Interaksi Timor Leste dengan Kesultanan Malaka dan menjadi bagian dari wilayah kekuasaan Malaka dalam Konfederasi Malaka – Timor menunjukkan bahwa Islam telah lama berakar di masyarakat setempat.
Ajaran Islam pertama kali diperkenalkan oleh pedagang Muslim dari Arab dan Hadramaut sekitar abad ke-14, namun baru mulai ditetapkan dan didakwahkan di abad ke-16. Hal ini membuktikan adanya jejak Islam yang kuat di Timor Leste sejak lama.