Setelah Revolusi Iran, republik Islam yang masih baru ini menghadapi sejumlah tantangan langsung, mulai dari loyalis Shah yang berpendidikan Barat, pembangkang sayap kiri sekuler, hingga perang habis-habisan dengan negara tetangga Irak. Raisi mendedikasikan kariernya sejak awal untuk menegakkan rezim yang baru lahir melawan oposisi internal.
Dia menjalani pelatihan administrasi dan segera bergabung dengan kantor kejaksaan di Masjed Soleymān di barat daya Iran. Selama enam tahun berikutnya, ia memperoleh pengalaman lebih lanjut sebagai jaksa di berbagai yurisdiksi, termasuk Kota Karaj, Kota Hamadan dan Provinsi Hamadan.
Pada 1985, ia menjadi wakil jaksa di ibu kota negara, Tehrān. Pada 1988, ketika beban ketidakstabilan dan Perang Iran-Irak sangat membebani rezim, Khomeini memerintahkan eksekusi ribuan tahanan politik yang dituduh bekerja sama dengan Irak.
Raisi ditunjuk ke dalam sebuah komite yang bertugas menentukan apakah tahanan tersebut termasuk dalam kelompok yang tidak setia kepada pemerintah. Setelah Ali Khamenei menjadi pemimpin Iran pada 1989, Raisi mulai menduduki jabatan senior dalam sistem peradilan Iran.
