Penguasaan sertifikat Hak Milik (SHM) dan Hak Guna Bangunan (HGB) di perairan pesisir diatur dalam Undang-Undang Agraria. Menurut Guru Besar Hukum Agraria Universitas Gadjah Mada, Maria Suwardjono, konsep hak atas tanah di perairan pesisir telah ada sejak lama. Beberapa suku di Indonesia, seperti Suku Bajo, telah membangun pemukiman di atas perairan pesisir. Kementerian ATR/Badan Pertanahan Nasional telah menerbitkan HGB untuk beberapa suku, seperti Suku Bajo di Teluk Tomini dan Kepulauan Wakatobi. Profesor Maria juga menjelaskan bahwa Suku-Suku asli seperti Suku Laut, Suku Barok, dan Suku Kampung Laut memiliki hak atas lahan di perairan pesisir. Menurut Pakar Hukum Agraria UGM, Prof Nurhasan Ismail, tanah di bawah kolom air juga termasuk dalam definisi tanah, termasuk perairan pesisir. Gaduh terkait SHGB di Tangerang dan Sidoarjo dianggap sebagai kelatahan politis. Menurutnya, jika HGB telah diberikan sejak 25 tahun yang lalu, tidak ada alasan untuk dipermasalahkan sekarang. Gunakan KKP untuk lokasi perairan pesisir bersamaan dengan wilayah kepulauan yang pemilik sebagai wewenang kepala daerah atau dinas terkait.
