Dalam laporan kronologi KNKT, menurut Antara, awalnya pilot berusia 32 tahun dan kopilot berusia 28 tahun itu mengoperasikan pesawat Airbus A320 yang membawa penumpang dari Jakarta menuju Kendari, dengan rute pulang pergi. Di tengah penerbangan dari Jakarta menuju Kendari, pilot menawarkan pada kopilot untuk tidur karena ia tampak kelelahan.
Dari situ, kopilot memutuskan tidur selama 30 menit, dan pilot mengambil alih tugas kopilot sementara. Pesawat pun berhasil mendarat dengan selamat di Kendari. Dalam investigasi KNKT, tertulis bahwa selama transit di Bandar Udara Haluoleo, Kendari, pilot dan kopilot menyempatkan makan mi instan.
Setelah menurunkan semua penumpang, pesawat melanjutkan penerbangan kembali pukul 00.05 Universal Time Coordinated (UTC) menuju Jakarta dengan nomor penerbangan BTK6723. Total penumpang yang berada di pesawat menuju Jakarta itu tercatat sebanyak 153 orang.
Saat pesawat mencapai fase ketinggian jelajah 36 ribu kaki, pilot dan kopilot melepas headset dan volume pengeras kokpit dinaikan. Kala itu, pilot meminta izin pada kopilot untuk beristirahat, dan kopilot mengambil alih tugas pilot sementara. Selang beberapa waktu, pilot terbangun dan menawarkan pada kopilot apakah ia ingin beristirahat, namun kopilot menolaknya.
“Kedua pilot melakukan percakapan non-tugas selama sekitar 30 detik, kemudian PIC (pilot) melanjutkan tidur. SIC (kopilot) mengetahui bahwa PIC sedang tidur dan melanjutkan tugas sebagai pilot maupun kopilot,” jelas laporan pendahuluan yang ditandatangani Soerjanto Tjahjono.
Saat detik-detik penerbangan inilah, koordinasi antara kopilot ACC wilayah Jakarta seharusnya terjalin. Namun, pukul 01:43:42 UTC saat ACC Jakarta bertanya pada kru pesawat berapa lama pesawat itu terbang di jalurnya, tidak ada respons dari kru kokpit. Kopilot ternyata tidak sengaja tertidur.
Sekitar 12 menit setelah transmisi terakhir, ACC Jakarta kembali berupaya melakukan kontak dengan pesawat, namun tetap tidak mendapat respons. Sejumlah upaya dilakukan untuk menghubungi pilot dan kopilot, termasuk mengontak pilot pesawat lain untuk membantunya, tapi tidak ada respons dari pesawat BTK6723.
Setelah itu, pada 02:11 UTC atau sekitar 28 menit sejak transmisi terakhir, pilot terbangun dan menyadari bahwa kopilotnya tertidur dan pesawat tengah berada di luar jalur penerbangan. Pilot segera membangunkan kopilot dan merespons panggilan dari ACC dan pilot pesawat lain.
Pesawat kemudian diarahkan kembali menuju jalur penerbangan yang seharusnya, dan berhasil mendarat di Bandara Soekarno-Hatta dengan selamat.
