Keutamaan Masjid Quba disebutkan dalam ayat Al-Quran dalam Surat Taubah, “Sesungguhnya masjid yang didirikan atas dasar ketakwaan sejak awal, lebih layak kamu berdiri di dalamnya…” Muhammad biasa pergi ke Masjid Quba dengan berkuda atau berjalan kaki, setiap hari Sabtu dan salat dua rakaat. Beliau menasihati orang lain untuk melakukan hal yang sama, dengan mengatakan, “Barangsiapa yang berwudu di rumah lalu pergi dan salat di Masjid Quba, maka dia akan mendapat pahala seperti umrah.” Hadits ini diriwayatkan oleh Ahmad ibn Hanbal, Al-Nasa’i, Ibnu Majah, dan Hakim al-Nishaburi. Awalnya, masjid ini dibangun 6 kilometer dari Madinah di desa Quba, sebelum Madinah diperluas hingga mencakup desa ini.
Rencana awal untuk merenovasi Masjid Quba dilakukan oleh arsitek Klasik Baru Abdel-Wahed El-Wakil pada abad ke-20, dengan tujuan mempertahankan struktur lama dalam desain yang lebih besar. Namun, masjid lama kemudian dirobohkan dan diganti dengan bangunan baru. Masjid baru ini terdiri dari ruang sholat persegi panjang yang dibangun di platform lantai dua. Ruang salat tersebut terhubung dengan cluster yang mencakup kawasan pemukiman, perkantoran, tempat wudu, pertokoan, dan perpustakaan.
